La Crète possède des sites bien préservés, mais, jusqu'à récemment, la protection de l'environnement n'y était pas une priorité. Comme ailleurs en Grèce, la sensiblité écologiste n'est pas politiquement représentée. Il suffit de se promener dans la campagne crétoise pour observer la désinvolture avec laquelle sont abandonnés carcasses de voitures et d'autres déchets encombrants. Certes, on a fini par fermer en 2001, l'immense décharge à ciel ouvert des environs de Chania, mais uniquement parce que l'Union Européenne avait contraint la Grèce à le faire. Un effort notable a toutefois été fait en matière de développement durable : l'usage des panneaux solaires domestiques est trés répendu, et un important parc d'éoliennes a été installé dans l'est du plateau de Lassithi. Mais ce d'autant plus que l'agriculture sous serre, particulièrement polluante en raison de la dispersion des déchets de toiles plastiques et l'utilisation massive de produits chimiques, est le poumon économique du sud de l'île.

Menaces sur le littoral

Aujourd'hui, les menaces les plus criantes pesant sur l'environnement sont liées au tourisme balnéaire et à l'urbanisation qui en résulte. Jusqu'en 1999, la Grèce ne possédait pas de code d'urbanisation, et la législation, très éparpillée, a permis la prolifération de nombreuses constructions, dites " arbitraires", sur lesquelles les autorités politiques et judiciaires ont le plus souvent fermé les yeux. Les contrôles semblent plus stricts aujourd'hui, en particulier dans les zones classées archéologiques, qui sont trés surveillées. Mais la décentralisation dont bénéficie la Crète; les permis de construire sont délivrés par les collectivités locales; laisse la place au clientélisme. De fait, le littoral se couvre peu à peu de constructions, au plus près de la mer. Une certaine prise de conscience semble toutefois voir le jour à propos du projet de complexe touristique de 4000 lits, assorti d'un golf, qu'une société britannique envisageait de construire dans l'est de l'île sur des terrains concédés par les moines du monastrère de Toplou, prés du site archéologique d'Itanos. En 2008, l'opposition à ce sujet a suscité une véritable mobilisation des habitants de la région, qui s'inquiètent notamment des conséquences de ce projet sur les ressources en eau.